В скални пещери, наречени от братята Шкорпил "Катакомбите“, е укрито имане на 12 манастира, които под заплахата от турското нашествие събират и донасят всичко ценно, което се е съдържало в тези 12 манастира. Това каза в предаването “Туризмът на Фокус" с Ася Александрова уредникът на Аладжа манастир Горан Стефанов. Това е първият музей на открито в България, който се намира на 14 км източно от Варна. 

“Скалният манастир Аладжа манастир се появява в края на XIII век, когато фактически започва едно увлечение на монасите към скалните обители и всъщност то, това увеличение, е свързано и с едно учение, наречено исихазъм".

“Целият манастир е бил изкопан в един скален рид, който е висок около 20 метра като неговият вход е бил в най-източната част. Влиза се в едно голямо помещение, от там следва вече трапезарията, монашеските килии и най- в дъното, на първо ниво на Аладжа манастира, е именно и един от храмовете. Всъщност те са били три като единият от самите храмове или параклиси не е достигнал до наши дни в пълнота, личат само част от френските и част от стъпалата към него. На второ ниво е запазен другият вече параклис, който е обособен, който всъщност е съставен именно от една разделена на две по-голяма църква, вероятно е разделена при приемането на именно исихазма от монасите на Аладжа манастир".

Най-популярната легенда за скалната обител “е свързана с един обект, който се намира на 800 метра от Аладжа манастир. Тя е записана от Тепляков, който всъщност през 1836 година е изпратен в България от руския император да събира сведения за различни укрити съкровища на територията на тогавашната Османска империя. И всъщност, той именно записва една легенда, според която в тези скални пещери, които са наричани по-късно братята Шкорпил "Катакомбите“, е укрито имане на 12 манастира, които под заплахата от турското нашествие се събират техните представители и донасят всичко ценно, което се е съдържало в тези 12 манастира. И игуменът тогава на Аладжа манастир укрива цялото имане, донесено от тези 12 манастири, именно в пещерите Катакомбите, и само той знае как да стигне до него. Но когато идват османците, те унищожават Аладжа манастир, избиват всички монаси, включително и игумена, и всъщност вече знанието за достъп до това имане е безвъзвратно загубено. Но затова пък местите разказват, че там се появява една мистична фигура на монах, последният монах на Аладжа манастир, който е наречен Рим папа и той задава въпроси на срещналите го: "Раждат ли още жените?, Телят ли кравите и Расте ли гората в местността Хачуката?“. Местността Хачуката всъщност е местността на Аладжа манастир. И когато получи  положителен отговор: "Да, всичко това се случва“, монаха така си поглажда брадата и каза "О, все още не ми е дошло времето“, след което се разтваря мистично в мъглата".

Други предания твърдят, че Аладжа манастир е построен върху останките на много древен гръцки град, основан от Филип Македонски през IV век пр. Хр. По това време владетелят обсадил древен Одесос, днешна Варна, но не успял да влезе в селището със сила, затова решил да сключи мирен договор, като го скърпил със сватба с дъщерята на гетския цар Котела, и в знак на добрите си намерения поднесъл дарове в светилище край града, като се предполага, че то именно е в района на Аладжа манастир. Само че археолозите не са намерили до днес доказателство за тази история.

Има и друга легенда. Според нея, при напускането на манастира последните монаси зазидали църковни книги и предмети от Аладжа манастир и околните такива. Някой посетители твърдят, че и днес виждат призраци на монаси, които обитават тесните килии и броят в гората наоколо.